本人利用自然人憑證IC卡、健保卡+註冊密碼或電子憑證等方式登入系統，並已下載完成所得資料，是否可更換配偶當納稅義務人？

不可以。納稅義務人於登入系統前，必須先確認是以本人或配偶當納稅義務人，即放入該張納稅義務人的憑證進入系統，爾後下載或登打之所得資料便以此人當納稅義務人，系統不允許更換納稅義務人。